Kopiowanie z podkatalogami:
cp -a /src/* /dst
(-a zastępuje -pRd czyli z zachowaniem uprawnień, podkatalogami, i zostawia linki symboliczne).

Można też używając rsync:
rsync -a /src/ /dst
slash po src ma znaczenie, bez niego
rsync -a /src /dst
skopiowałoby zawartość /src do /dst/src

Używając rsync można też kopiować pomiędzy zdalnymi maszynami, np.:
rsync -ave ‚ssh -p22’ –del –exclude ‚/proc’ –exclude ‚/dev’ root@host:/ /dsthost